عليرغم زحمات زيادى كه براى آن مؤسسه كشيده بود و عليرغم اميد زيادى كه به آيندهء آن بسته بود ، در حالى كه در آن چند سال خون دل زيادى خورده بود از عضويّت هيئت مديرهء آن مؤسسه استعفا داد و آن را ترك گفت . در سال 1348 به خاطر صدور اعلاميّه‌اى با امضاى ايشان و حضرت علامه طباطبائى و آية اللّه حاج سيد ابو الفضل مجتهد زنجانى مبنى بر جمع اعانه براى كمك به آوارگان فلسطينى و اعلام آن طىّ يك سخنرانى در حسينيّه ارشاد ، دستگير شد و مدت كوتاهى در زندانى تك سلّولى بسر برد . از سال 1349 تا 1351 برنامه‌هاى تبليغى مسجد الجواد را زير نظر داشت و غالبا خود سخنران اصلى بود تا اينكه آن مسجد و به دنبال آن حسينيّه ارشاد تعطيل گرديد و بار ديگر استاد مطهرى دستگير و مدتى در بازداشت قرار گرفت . پس از آن استاد شهيد سخنرانيهاى خود را در مسجد جاويد و مسجد ارك و غيره ايراد مىكرد . بعد از مدتى مسجد جاويد نيز تعطيل گرديد . در حدود سال 1353 ممنوع المنبر گرديد و اين ممنوعيّت تا پيروزى انقلاب اسلامى ادامه داشت . از مهمترين خدمات استاد مطهرى در طول حيات پربركتش ارائه ايدئولوژى اصيل اسلامى از طريق درس و سخنرانى و تأليف كتاب است . اين امر خصوصا در سالهاى 1351 تا 1357 به خاطر افزايش تبليغات گروههاى چپ و پديد آمدن گروههاى مسلمان چپ زده و ظهور پديدهء التقاط به اوج خود مىرسد . گذشته از حضرت امام ، استاد مطهرى اولين شخصيتى است كه به خطر سران سازمان موسوم به « مجاهدين خلق ايران » پى مىبرد و ديگران را از همكارى با اين سازمان باز مىدارد و حتى تغيير ايدئولوژى آنها را پيش‌بينى مىنمايد . در اين سالها استاد شهيد به توصيهء حضرت امام مبنى بر تدريس در حوزهء علميّهء قم هفته‌اى دو روز به قم عزيمت نموده و درسهاى مهمّى در آن حوزه القا مىنمايد ، و همزمان در تهران نيز درسهايى در منزل و غيره تدريس مىكند . در سال 1355 به دنبال يك درگيرى با يك استاد كمونيست دانشكدهء الهيات ! زودتر از موعد مقرّر بازنشسته مىشود . همچنين در اين سالها استاد شهيد با همكارى تنى چند از شخصيتهاى روحانى ، « جامعه روحانيّت مبارز تهران » را بنيان مىگذارد بدان اميد كه روحانيّت شهرستانها نيز به تدريج چنين سازمانى پيدا كند . گرچه ارتباط استاد مطهرى با امام خمينى پس از تبعيد ايشان از ايران به وسيلهء نامه و غيره استمرار داشته است ولى در سال 1355 موفق گرديد مسافرتى به نجف اشرف نموده و ضمن ديدار با امام خمينى دربارهء مسائل مهم نهضت و حوزه‌هاى علميّه با ايشان مشورت نمايد . پس از شهادت آية اللّه سيّد مصطفى خمينى و آغاز دورهء جديد نهضت اسلامى ، استاد مطهرى به طور تمام وقت در خدمت نهضت قرارمىگيرد و در تمام مراحل آن نقشى اساسى ايفا مىنمايد . در دوران اقامت حضرت امام در پاريس ، سفرى به آن ديار نموده و در مورد مسائل مهم انقلاب با ايشان گفتگو مىكند و در همين سفر امام خمينى ايشان را مسؤول تشكيل شوراى انقلاب اسلامى مىنمايد . هنگام بازگشت امام خمينى به ايران مسؤوليّت كميتهء